干潟の小さな貝は一種ではなかった――京大が解き明かした「隠蔽種」と新種キイノコハゼガイ

砂の下に、三つの生物の歴史があった

干潮の紀伊半島。水が引いた砂泥の下には、地上からは見えない生物同士の関係がある。スジホシムシモドキ類と呼ばれる環形動物の体表に、数ミリほどの小さな二枚貝が付着して暮らしている。「コハゼガイ」の名で知られてきた貝だ。見た目だけでは、何種類いるのかさえ簡単には分からない。

京都大学の後藤龍太郎助教らの研究グループは、この身近でありながら見過ごされやすい共生生物に注目した。奄美群島と紀伊半島南部で採集した標本の形、生活環境、DNAを突き合わせると、これまで一種と扱われた貝の内部に、遺伝的に異なる三つの系統が存在していた。

10月9日の京都大学の発表は、三つの新種を一度に命名したという話ではない。研究では三種に相当する遺伝的なまとまりを認め、そのうち紀伊半島のものを新種「キイノコハゼガイ」（Planktomya kiiensis）として正式に記載した。学術論文のオンライン公開は9月9日だった。

貝が貝らしくない暮らしをする

コハゼガイは、岩に固着する大型の貝でも、砂底を自由に掘り進む一般的な二枚貝でもない。舌のように大きい足を使い、砂泥に潜るスジホシムシモドキ類（Siphonosoma属）の体に付着する。宿主の体表は、海中の小さな住みかになる。

二枚貝の多くは水を取り込み、浮遊する粒子を濾し取って食べるが、今回の研究だけからコハゼガイの栄養の全経路を確定することはできない。「共生」は二つの生物が関係して暮らす状態を表す言葉で、必ずしも双方に同じ利益がある「相利共生」を意味しない。論文が用いるcommensalという表現も、厳密には利益と不利益の評価を慎重に扱う必要がある。

この生活様式が見つけにくさの一因だ。干潟の表面だけを見ても姿は分からず、宿主を探して観察しなければ貝の存在そのものを見落とす。調査対象の選び方が、生物相の見え方を変えてしまう。

「似ている」ことと「同じ種」であること

研究グループはミトコンドリアDNAのCOI領域と核DNAのITS2領域を解析した。互いに由来の異なる遺伝情報を用いることで、一つの遺伝子だけの差をそのまま種の境界と見なす危険を小さくした。加えて殻や内部形態、宿主、生息域を比較した。

奄美群島では二系統が見つかり、紀伊半島では別の一系統が見つかった。論文の表記ではPlanktomya spp. 1–3と整理し、紀伊半島のsp. 2をPlanktomya kiiensisと命名した。紀伊の系統と奄美の近縁な系統のCOI配列の遺伝距離は約9.6％、二つの奄美系統の間にはさらに大きな隔たりが示された。数値は特定の遺伝子と解析手法による比較で、すべての生物に適用できる「種の基準値」ではない。

見た目がよく似た別種を「隠蔽種」と呼ぶ。外見上の違いを頼りに分類してきた標本の中に、独立した進化の歴史を持つ系統が隠れている場合がある。その発見は単なる名前の増加ではなく、海の多様性を数え直す作業につながる。

新種キイノコハゼガイの手がかり

紀伊半島で採集された新種は、奄美の系統に比べて殻がわずかに細長く、幼生期に形成される殻の一部、プロディッソコンクII（prodissoconch II）が大きかった。論文ではその大きさが約1000～1100マイクロメートルと記されている。

二枚貝の成長において幼生期の殻は、成長の初期段階を示す重要な痕跡になる。研究者はこの形態的特徴に、DNAと温帯の生息地という情報を組み合わせ、紀伊の個体群を記載する根拠とした。学名kiiensisは紀伊半島に由来する。

一方で奄美に存在する二系統のどちらが、1973年に奄美大島産の標本から記載された本来のPlanktomya amamiensisに当たるかは未解決だ。原記載の基準標本との照合などが必要で、研究チームは二つの奄美系統にそれぞれ正式な新種名を与えたわけではない。

なぜ北と南で分かれたのか

温帯の紀伊半島と亜熱帯の奄美群島では、季節や海水温の条件が異なる。さらに、今回調べた貝が利用するSiphonosoma属の宿主にも地域差があった。研究者は、緯度に伴う水温の違いと宿主の変化が、共生する二枚貝の分化に関係した可能性を指摘する。

ただし、この研究は水温が直接、三つの種を生んだと実験で証明したものではない。現在の分布とDNAの違いから進化史を考えるには、過去の海流、移動、個体群の孤立、宿主への適応など複数の説明があり得る。原因と結果を確かめるには採集地域と遺伝情報をさらに増やす必要がある。

幼生殻の大きさにも地理的な違いがある。水温と浮遊幼生期間の関係は他の貝類で知られるが、このコハゼガイ類にも同じ仕組みが働くかは今後の検証課題だ。小さな殻に残る発生史の記録が、広い海の環境変化を読み解く手がかりになるかもしれない。

1973年の標本から、2026年のDNAへ

コハゼガイ類の分類は、現代の遺伝子解析だけで始まったわけではない。論文によるとPlanktomya amamiensisは1973年、櫻井・波部によって奄美大島の標本に基づき記載された。以来、貝類研究者は標本の外形、殻の特徴、発見場所を頼りに知識を積み重ねてきた。

新しい研究は過去の分類を否定して終わるものではない。先人が残した命名と標本を基準にしながら、当時は利用できなかったDNA解析や詳細な宿主同定を加える。「昔の一種が三種に変わった」という言い方より、「一種という理解の内側に別々の進化の道筋が見えてきた」と考える方が正確だ。

後藤研究グループは2025年には二枚貝に共生する新種のヨコエビを報告し、2026年には和歌山県南部の潮間帯で、長く記録が途絶えていた共生性のエビを再発見した。海の生き物同士の関係を調べる継続的な調査が、今回の発見の背景にある。

名前の分からない生物をどう守るか

同じ名前で呼んできた集団が実は複数の種なら、それぞれの分布は想像より狭い可能性がある。紀伊半島だけで確認された種と奄美の系統では、沿岸開発、泥質環境の変化、宿主の減少などの影響も異なり得る。これは保全上の検討課題であって、今回の研究が個体数の減少や絶滅危機を立証したという意味ではない。

干潟を守るとき、目立つ鳥や大きな貝だけに注目していては、砂泥の下の共生関係を見逃す。宿主がいなければ、その体表を生活場所にする生き物の生息条件も変わってしまう。生態系は単独の「種のリスト」以上のつながりからできている。

遺伝情報と標本の蓄積には公共的な価値がある。研究では解析に用いた配列を国際的なデータベースGenBankに登録している。将来ほかの研究者が異なる海域の標本を調べ、現在の分類を再検討できるようにするためだ。

深海ではなく、干潮の浜辺に残る未知

人がまだ知らない生物と聞くと、深海探査船が潜る暗い海底を思い浮かべやすい。しかし今回の舞台は、潮が引けば足を運ぶことのできる沿岸の干潟である。未知とは必ずしも遠い場所にあるものではない。見方が足りなかった場所にも潜んでいる。

京都大学は10月9日、後藤助教のコメントとともに成果を紹介した。研究グループが示したのは、三つの系統を見分けるための証拠と、一つの新種の正式な記載である。そして、宿主と水温と進化の関係については、なお検証すべき仮説が残る。

砂泥の下に暮らす小さな貝を丹念に調べる。その地道な仕事が、海洋生物の豊かさについて世界が持つ地図を少し描き替えた。大きな発見は必ずしも大きな生物から始まらない。